Le professeur Spencer Hale, spécialiste de la mythologie Pokémon, a disparu au centre de recherche de Greenfield. Affolée, Molly, sa fille, se laisse emporter par la magie des rêves au pays des Zarbi, de redoutables Pokémon qui ont le pouvoir de lire dans les esprits et de façonner des mondes virtuels. Elle s'engage alors dans une nouvelle dimension et se place sous la protection d'une créature géante : Enteï, en qui elle croit reconnaître son père.
Quelques jours plus tard, les Zarbi enlèvent la mère de Sacha pour lui faire tenir le rôle de celle de Molly, disparue deux ans auparavant. Prisonnière de ses chimères, la fillette ne se rend pas compte de l'imposture. Un mal étrange se répand alors sur Greenfield, transformant cette contrée idyllique en une mer de cristal. Tandis que le monde entier s'interroge sur cet inquiétant phénomène, Sacha part à la recherche de sa mère.
