Cette nouvelle aventure du célèbre détective se déroule en mer, près de l'île de Hachijô, Tokyo.
Des ingénieurs du monde entier se sont réunis pour une opération à grande échelle sur "La bouée du Pacifique", une installation en mer permettant de relier entre elles les caméras de sécurité appartenant aux forces de police du monde entier. De plus, une nouvelle technologie mettant à profit un système de reconnaissance faciale y fait l’objet de tests. Pendant ce temps, Conan qui visite l’île avec les Détectives Juniors reçoit un appel de Subaru Okiya l’informant qu’une employée d’Europol a été assassinée en Allemagne par Gin, de l’Organisation des Hommes en Noir.
Inquiet, Conan se faufile dans la bouée du Pacifique et découvre qu'une ingénieure a été kidnappée par l'Organisation.
Un grincement lugubre résonne à travers les fonds marins tandis qu’une ombre noire plane sur Ai Haibara...
